私たちが使うコンピューターは、普通のコンピューターではなく、スーパーコンピューターです。スーパーコンピューターというのは、パソコンの数千倍から数万倍の速さで計算ができます。
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最近、新聞やテレビで遺伝子や蛋白質と言う言葉が、よく登場します。 生き物をロボットに例えると、蛋白質というのは、ロボットを作っている部品です。
部品の設計図が遺伝子です。酸素を運ぶ、筋肉が力を出す、目で物を見る、光合成をする。 これら全てを蛋白質がしています。
私たちは、ビーカーや試験管を使う代わりに、コンピューターを使って、蛋白質の実験をしています。
私たちが使うコンピューターは、普通のコンピューターではなく、スーパーコンピューターです。スーパーコンピューターというのは、パソコンの数千倍から数万倍の速さで計算ができます。
スーパーコンピューターの最高スピードを出すには、特別なソフトウエアが必要です。 運転免許を持っているだけでは、F1を運転できないのと同じです。
我々が使っているのは、斎藤が開発したCOSMOS90というソフトウエアです。COSMOS90クリック
スーパーコンピューターは、数百から数千の頭脳（CPU）を持っています。 これらのCPUが共同して計算をするから、素早く計算できるのです。 このような計算機を並列計算機といいます。 私たちが普段使っているパソコンを並列につないで、並列計算機を作ることができます。
蛋白質は数千個の原子からできています。 蛋白質の性質をもっと詳しく調べるためには、原子を作る電子の雲の性質を計算で調べます。 最近ようやく、電子の雲の様子が計算できるようになりました。
静止した蛋白質についての計算ですが、スーパーコンピューターか、スーパーコンピューター なみの PCクラスタが必要です。（右図は佐藤文俊氏提供）